L'Eglise protestante unie de Belgique a pour mission de glorifier Dieu et de confesser son chef Jésus-Christ comme Seigneur et Sauveur du monde. "Dieu a tant aimé le monde, qu'il a donné son fils, son unique, pour que tout homme qui croit en lui ne périsse pas, mais ait la vie éternelle" (Jean 3/16).
Dans la communion de l'Eglise universelle, elle se reconnaît héritière de ceux qui ont confessé leur foi dans le Symbole des Apôtres, le Symbole de Nicée-Constantinople, le Symbole d'Athanase, la Confession d'Augsbourg, la Confessio Belgica, le Catéchisme de Heidelberg et les Vingt-cinq Articles de religion. Elle se place sous l'autorité des saintes Ecritures, qu'elle reçoit par le Saint-Esprit, comme Parole de Dieu, règle suprême de sa foi et de sa vie.